按照該病的病因病機，中醫認為大致可區分為實證與虛證兩方面來進行治療，其中外感風熱、心脾積熱、脾胃熱盛等均屬于實證范疇，而胃陰不足、脾胃虛寒、腎陽不足等均屬于虛證范疇。

穴位貼敷、艾灸、針刺、推拿等外治法也是治療口腔黏膜病的有效方式。對于心脾積熱型小兒皰疹性口腔炎，有醫者在運用清脾瀉熱湯基礎上使用由桃仁、杏仁、山梔子調制成的藥糊于睡前敷貼涌泉穴，且加用清脾胃、清天河水、清小腸等推拿手法，結果顯示治療總有效率明顯提升，并且患者疼痛感緩解、食欲改善更為顯著。